Spätestens seit dem Beginn des 17. Jahrhunderts verfügte die reformierte Churer Stadtkirche St.Martin über eine Orgel. Graubünden war also nach Basel der zweite Kanton, der nach der Reformation wieder Orgeln in den Kirchen des neuen Glaubens zuliess. Bern und Genf folgten erst im 18., Zürich gar erst im 19. Jahrhundert.

Um die Mitte des 19. Jahrhunderts wurden erste Anstrengungen unternommen, ein modernes und repräsentatives Instrument für die St.Martinskirche zu realisieren. Erbaut wurde es 1868 durch J.N.Kuhn als erstes dreimanualiges Werk im Kanton.

Seit ihrer Erbauung fanden immer wieder Konzerte auf der St.Martinsorgel statt, so haben neben anderen Albert Schweitzer und Otto Barblan mehrmals hier gespielt. Ein eigentlicher Zyklus besteht seit 1993. Ins Leben gerufen wurden die "Churer Orgelkonzerte" von Stephan Thomas, der 1989 zum Organisten der St.Martins- und der Regulakirche gewählt worden war; er führt die Reihe seither als künstlerischer Leiter. Ein besonderer Impuls war die restaurative Neugestaltung der J.N.Kuhn-Orgel, die 1992 abgeschlossen wurde.